桥本氏病是一种器官特异性自身免疫性疾病，其发病机理尚未完全阐明。 它可能基于遗传易感性，先天免疫监控的缺陷，引起免疫功能障碍，产生体液免疫和针对甲状腺的细胞免疫反应导致甲状腺滤泡上皮破坏并导致疾病，而自身免疫反应的强度与病情密切相关。

由于心肌细胞上存在更多的T3受体，心血管系统对过量的甲状腺激素有强烈反应，导致心脏耗氧量增加和心脏负担增加，甲状腺激素对心脏有长期影响，很容易引起心脏肿大，房颤，心律不齐，甚至心力衰竭和死亡。